這種問題經常出現在使用檢測過其他項目的色譜柱進行方法開發，再換色譜柱進行重現時發生。這種情況是因為，有些特殊物質（可能是樣品中的微量雜質或強保留物質）會吸附在填料上無法洗脫下來，這種情況就會對色譜柱造成改性。在檢某些特定成分時，會影響成份的保留能力，導緻更換色譜柱後無法重現分離效果。避免這種情況更好的辦法就是方法确定後馬上用新色譜柱進行結果重現。如新柱無法重現結果，就有很大的可能是舊柱子被改性引起的。

有時，使用沒有測過其他項目的色譜柱進行方法開發，後面重現的時候，也會發生更換柱子無法重現的情況。這是因為，方法開發過程中會使用到很多的不同條件及不同前處理方法處理的樣品，這種情況，也可能使色譜柱改性。因此，哪怕是用沒做過其他項目的色譜柱進行方法開發的，方法确定後，也需用全新的色譜柱進行重現。

色譜柱使用ji限條件（如高pH值，高溫，低pH值等），導緻色譜柱受損，在這種色譜柱上開發的方法，在更換新柱時，也經常會出現無法重現的情況。高pH值會引起矽膠溶解，色譜柱塌陷；低pH值會導緻鍵合相容易脫落，高溫會導緻填料塌陷，闆結等情況，使色譜柱的保留能力發生變化。因此，使用這種條件的方法，方法确定後，一定要用新的色譜柱進行重現。

色譜柱使用過含離子對試劑的條件，離子對試劑會使色譜柱改性，無法完全沖洗幹淨，因此，使用過離子對試劑的色譜柱建議專柱專用。