離子對色譜法（IPC）可被看做是以分離離子樣品為目标的反相色譜法的改良形式。IPC和RPCwei一不同的條件是IPC在流動相中添加了離子對試劑R⁺或R^-，這些試劑能在平衡過程中，與酸性化合物的A^-或堿性化合物的BH⁺發生相互作用：

  離子化溶質             離子對

（酸）A^-+R⁺     ⇔     A^-R⁺

（堿）BH⁺+R^-   ⇔     BH⁺R^-

  親水性溶質              疏水性離子對

（在RPC保留較少）  （在RPC保留較多）

有關IPC的保留機理目前有兩種說法。

一種說法是離子對在溶液中形成，然後被保留在色譜柱上，溶質保留平衡過程如下（以離子化的酸性溶質A^-和四烷基铵鹽R⁺形成離子對為例）：

A^-R⁺（流動相）  ⇔    A^-R⁺（固定相）

另一種說法則認為，IPC試劑先被固定相保留，然後溶質的保留是離子交換的過程，例如，離子化的酸性流動相A^-和IPC試劑R⁺X^-：

A^-（流動相）+ R⁺X^-（固定相）

                    ⇕

 A^-R⁺（固定相）+ X^-（流動相）  

即是，離子對試劑 R⁺X^-先吸附到固定相上，然後樣品離子A^-代替固定相上的反離子X^-。這兩種IPC的保留過程都可能在任一個給定的分離中占優勢，但是哪一種機制起着更為重要的作用既不容易确定，對實際操作也不重要。

在IPC中，可以用于控制選擇性的分離條件包括：

➩ pH；

➩ IPC試劑的類型（磺酸鹽、季铵鹽、離液劑）；

➩ IPC試劑的濃度；

➩ 溶劑強度（B%）；

➩ 溶劑類型（甲醇、乙腈等）；

➩ 溫度；

➩ 色譜柱類型；

➩ 緩沖溶液的類型和濃度。

無機試劑（或“離液劑”）如ClO₄^-、BF₄^-和PF₆^-可用于代替常用的烷基磺酸鹽作為IPC試劑。無機試劑在固定相上的保留較少，它的保留機理更接近上述的第一種說法，在流動相中形成離子對。離液劑能更好地用于梯度洗脫（有較小的基線噪音和漂移），且當B%較高時也能較好的溶解在流動相中。

但是使用離子對試劑也有一些特殊問題，在某些情況下需要嚴格控制流動相pH；溫度控制的重現性必須較高（比RPC更需要），此外，IPC中的某些問題不會在RPC分離中出現或與其他RPC有所不同。還有就是出現僞峰、改變流動相周柱平衡緩慢、有不明原因造成的糟糕的色譜峰型等。

首先是僞峰。當把樣品溶劑（不含樣品）注入到IPC中（即空白實驗），我們有時會觀察到正峰和負峰同時出現的情況。導緻僞峰的原因通常是由流動相和樣品溶劑的組成之間存在差異引起的。而使用不純的IPC試劑、緩沖液或其他的流動相添加劑都會使僞峰的問題更為嚴重。

其次是緩慢的柱平衡。當使用新的流動相時，必須用足夠體積的流動相沖洗色譜柱以使色譜柱達到平衡。在IPC中，IPC試劑在色譜柱上的吸附和解吸附在某些情況下非常緩慢，這會造成色譜柱不能被新的流動相完全平衡。所以，無論是舊的流動相還是新的流動相含有IPC試劑時，我們必須确定改變流動相後樣品的保留具有重現性（需要以新的流動相進行幾小時的沖洗色譜柱才能達到完全平衡）。更換IPC試劑時，先用特殊的洗脫劑把先前吸附在色譜柱上的IPC試劑洗脫下來，再用新的流動相對色譜柱進行平衡。